Nella prima loggia si trova un Presepio e san Sebastiano un affresco del quattrocento, statuette di san Marino e sant'Antonio da Padova, anch'esse del'400; Poi vi sono delle croci perle processioni del '300-'400 e vari arredi sacri. Di rilievo una pantofola di Pio V (1566-1572). e il quadro Crocifisso e san Francesco del quattrocento, inoltre sono conservati una mitria vescovile di Marino Madroni e la sua pietra tombale, la lapide sepolcrale di frate Andrea, che diresse la costruzione della chiesa di San Francesco e l'affresco Adorazione dei Magi, che risale al quattrocento, e la Madonna e i santi Simone e Giuda, del seicento della scuola del Barocci.

Nella seconda loggia si trova Quattro evangelisti, di Antonio Circignani detto il Pomarancio, il quadro Sant'Ignazio e san Francesco Saverio della scuola di Guido Reni. Di rilievo la Madonna di Se­bastiano Conca (1680-1764) e anche San Francesco d'Assisi che riceve le stimmate del Guercino (1591-1666); Circoncisione di Federico Fiori, detto il Baroccio (c. 1526-1612) e altri quadri quattrocenteschi, nelle vicine stanzette a parte, è conservata una Madonna forse di Raffaello e un San Giovanni Battista di Giovanni Lanfranco (1582-1647); e Astrologia, forse del Guercino.

Due piccole sale annesse al Museo ospitano la raccolta dedicata all'artista Emilio Ambron, costituita da dipinti e sculture della prima metà del ‘900, donate dall'autore.