Il palazzo fu ricostruito tra il 1883 e il 1886 dall'architetto Camillo Castrucci sulla villa Montalto-Peretti come sede per il collegio per i Gesuiti. Dopo varie vicende fu infine acquistato dallo Stato nel 1981 e restaurato. La sede museale è stata inaugurata nel 1995 e completata nel 1998.
Le collezioni si distribuiscono nei quattro piani dell’edificio secondo un criterio cronologico e tematico: il pianterreno, il primo e il secondo piano sono dedicati alla sezione di arte antica; il piano interrato ospita le sezioni di numismatica e oreficeria.
Tra le opere originali greche importate a Roma spiccano la Niobide dagli Horti Sallustiani e la statua in bronzo del Pugile.
