Nel Museo della Città sono esposte una parte delle opere appartenenti alle Collezioni Civiche che già nell'Ottocento costituivano il Museo Patrio. Quanto proposto ha l'ambizione di raccontare i momenti più emblematici della storia di Mantova e rappresentarne la sua grande civiltà artistica. Sette sono le sezioni tematiche:

- La città e l'acqua - Piano Terra, Loggia dei marmi
- Emblematica gentilizia - Piano Terra, Sala del Porcospino e Sala del Crogiolo
- La città del Principe - Primo Piano, Sala dei Trionfi
- Il culto dell'antico - Primo Piano, Camera de' Brevi
- La rinascita dell'antico, Mantova quasi Roma - Primo Piano, Sala delle Frecce
- I "Trionfi di Cesare" del Mantegna - Primo Piano, Sala Est
- Esempi di pittura a Mantova tra Quattrocento e Cinquecento - Secondo Piano, Galleria Superiore.