Il museo espone circa 900 reperti: di rilevante interesse è la Collezione di Malacologia Ecologica, che comprende esemplari di conchiglie raccolte sul litorale pugliese, e presentate senza alcun particolare trattamento conservativo.

L'Algario comprende più di 700 esemplari di 219 specie diverse di alghe provenienti dal Mar Adriatico e dal Mar Ionio.

Si allestiscono, inoltre, varie mostre temporanee dedicate a temi ambientali.