Dal 1962, il piano superiore del chiostro ospita il Museo della Badia, che espone una serie di oggetti raccolti nel corso della campagna di ristrutturazione iniziata nel 1954.

Ampliato nel 1990, il museo ospita anche una collezione di reperti archeologici di età preistorica, rinvenuti nella zona compresa tra la Valganna e il monastero di Torba.

Nel museo trova posto anche una raccolta di quadri, tra i quali spicca una Deposizione attribuita agli allievi di Bernardino Campi. Tra le altre opere pittoriche conservate nel museo, dipinti di Carlo Cocquio, Ludovico Cavaleri, Alfio Graziani, Carlo Pellegrino, Innocente Salvini, Federico Gariboldi, nonché opere degli artisti Moro, Montanari, Carpi, Travaglia, Salerni, De Bernardi.

Tra le sculture conservate nel museo spiccano Il garibaldino ferito (bronzo di Giuseppe Grandi) e Il pianto degli angeli (gesso di Odoardo Tabacchi), oltre a due impressioni in gesso ottenute da un sepolcro preromanico situato nella chiesa di San Michele a Bosto.

Una sezione del museo è inoltre dedicata alla ceramica di Ghirla.