Il Museo, collocato sopra la Chiesa nell'ex coro dei frati, ospita preziose argenterie sei-settecentesche, statuette in alabastro, legno e cera dal XII secolo in poi, raffinatissimi paramenti sacri in broccato, damasco con fini ricami in seta, argento e oro del XVI, XVII, XVIII secolo. Fra le opere più importanti della pinacoteca si segnalano: S. Francesco consolato dall'Angelo, attribuito a Pietro Novelli; S. Agata e S. Pietro della scuola del Caravaggio; La Madonna del Giglio; la Pietà di Salvatore Mangano; S. Spiridione di Salvatore Spina; La Porziuncola di autore ignoto. Nei locali che ospitano la Pinacoteca sono esposti anche sculture, paramenti, campane, libri di varie epoche e cimeli di varia natura relativi alla chiesa dei PP. Cappuccini o alla vita di P. Innocenzo.