Il Museo è allestito all'ultimo piano del convento dei frati Cappuccini di Santa Caterina ed è accessibile attraverso uno scalone monumentale settecentesco che, insieme alla cappella superiore della chiesa, costituisce il percorso permanente del Museo. Nella sala Museale vera e proria, un open space di 250 metri quadrati, vengono allestite mostre temporanee a tema che permettono di presentare il patrimonio storico artistico dell'ordine attraverso una continua rotazione delle opere d'arte.