Attualmente il MACA occupa trenta sale, per un totale di tremila metri quadri di spazi espositivi, distribuiti sui quattro piani del palazzo.
Undici grandi sale del museo sono adibite alla collezione delle opere di Silvio Vigliaturo, mentre alcune delle restanti diciannove sale, il cortile interno ed il giardino ospitano attività didattiche, incontri, workshop ed esposizioni temporanee. Fanno parte del palazzo anche la Sala delle Colonne, dominata da un colonnato romano di cui gli archeologi ignorano origine e funzione, e le sale del secondo piano, le uniche di cui sono conservati gli affreschi originali.
Cuore del percorso espositivo è una grande installazione realizzata dall’artista per l’occasione, dal titolo Battaglia fuori dalle mura, nella quale confluiscono alcune delle tematiche a lui più care e in cui l’abilità tecnica del maestro raggiunge il suo più alto livello.
Il MACA annovera nella sua collezione permanente, inoltre, una serie di 66 opere grafiche di grandi nomi del '900 italiano (tra gli altri: De Chirico, Schifano, Morlotti, Scanavino e Nespolo), frutto della donazione del collezionista Germano Patrito, un'opera dello scultore Dorino Ouvrier e un'opera pittorica per ciascuno dei seguenti artisti: Giovanni Cataldi, Luigi Le Voci, Francesco Guerrieri, e Fritz Baungartner. Queste ultime opere sono state donate al museo dagli artisti stessi o dai loro eredi.
