Costituito negli anni Ottanta per opera dell’Amministrazione comunale e grazie all'atività di ricerca del Gruppo Bassa Padovana guidato da Camillo Corrain, si propone di raccontare il rapporto uomo-ambiente nel territorio che va dai Colli Euganei all’Adige nel suo sviluppo storico, dall’era primitiva all’epoca preindustriale.
Il Museo, suddiviso in varie sezioni, raccoglie un'abbondante e originale documentazione riguardante la colonizzazione umana della Bassa Padovana, territorio che si estende nella fascia compresa tra i Colli Euganei, a nord, l'Adige, a sud, e confina ad ovest con il veronese.
Accanto alle sezioni cartografica, delle ceramiche medievali e della preistoria, sono presenti quelle della ruralità, con un'ampia esposizione di oggetti e attrezzature del lavoro e della vita quotidiana, patrimonio della nostra società contadina, fino al momento della totale meccanizzazione agraria.
In una sala al primo piano del Museo trova spazio la Pinacoteca Favaro, istituita nel 1993, in seguito ad una donazione di Pietro Favaro al Comune di Stanghella, suo luogo natale. La collezione comprende sessantasei opere che vanno dagli anni Trenta ai Novanta del secolo scorso ed è stata poi integrata con le opere di altri artisti esposte in pinacoteca e poi donate.
Il Museo offre, a completamento del materiale esposto, anche una nutrita collana di pubblicazioni e ricerche, nonché documenti cartografici, sia antichi che moderni, e manoscritti conservati nel proprio archivio che risalgono fin anche al quattordicesimo secolo.
