Il Museo, ospitato all’interno della Casina Cappelluti, una residenza di campagna del XIX sec., documenta le scoperte archeologiche effettuate all’interno della dolina carsica e nelle immediate vicinanze sulle frequentazioni neolitiche, dei monaci cappuccini e dell’epoca della nitriera.
Il Museo prevede sezioni introduttive di carattere geologico e sulla storia della ricerca e sugli insediamenti neolitici, sull’Età del Bronzo, sulle fabbriche settecentesche di produzione del salnitro, sul procedimento di estrazione del minerale. La visita al Museo completa l’esperienza fatta nella dolina carsica.
La collezione comprende una selezione di ceramiche, industrie litiche e frammenti delle capanne, risalenti al Neolitico e all'Età del bronzo, corredate da didascalie, immagini e ricostruzioni. Sono inoltre presenti alcuni contenitori in ceramica delle locali fabbriche settecentesche, che rimandano al periodo in cui la dolina era utilizzata come cava di salnitro.