Il museo può essere suddiviso in due blocchi principali che si trovano in parti distinte del palazzo: al piano superiore si trova la collezione che è costituita da materiale proveniente da Roma, Colombia e Grecia dove il Dossi aveva soggiornato per incarichi diplomatici. Si tratta quindi di materiale di cui non è possibile stabilire l’esatta provenienza e il contesto di rinvenimento.

Al piano terra si trova il museo vero e proprio, con i reperti rinvenuti durante gli scavi effettuati dallo stesso Carlo Dossi a Corbetta e presso Riazzolo ed Albairate. Il materiale è catalogato e suddiviso per luogo di rinvenimento e per tomba, con indicazioni della località, della data di scoperta e con una breve descrizione del reperto. Dove è stato possibile, inoltre, si sono ricostruite le tombe con i corredi funebri ritrovati, databili quasi tutti attorno al I secolo a.C.

Il museo ha una particolarità molto curiosa: esso è stato lasciato esattamente come lo ha voluto il Dossi, con il merito di essere stato il primo museo didattico in italia e senza luce elettrica.