Il Museo conserva materiale litico e ceramico preistorico dal Gargano, iscrizioni latine di eta' romana, terrecotte figurate delle fabbriche di Taranto e di Canosa, vasi plastici da Canosa, gioielli, ambre scolpite, vetri di eta' romana, bronzi arcaici e romani. Il ricco medagliere contiene numerosi esemplari di eta' greca, bizantina, arabo-normanna e medievale.

Tra gli acquisti e i lasciti si ricordano i reperti canosini della tomba Varrese, la collezione Polese, il monetiere Maselli. Mnetre per le campagne di scavo cruciali sono state quelle condotte tra la fine degli anni ’70 e la fine degli anni ’80 a Conversano, Monte Sannace, Turi, Rutigliano, Acquaviva delle Fonti, Canosa.

Attualmente è aperto al pubblico solo il bastione di Santa Scolastica in un unico percorso di visita con il Parco Archeologico di San Pietro.