Il Museo illustra la storia della colonia greca di Naxos, prendendo al contempo in esame le evidenze preistoriche, attestanti l'ininterrotta continuità di vita nel sito, dal neolitico sino all'arrivo dei Greci nonché testimonianze dal territorio (Cocolonazzo di Mola, grotta Monaci, Fiumedenisi, Malvagna).
