Ubicato a Filicudi Porto, in una tipica casa isolana a due Piani con vista sul villaggio preistorico di Capo Graziano, il Museo si articola in cinque Sale Espositive, quattro al Primo Piano, una al Piano Terra.

Il percorso inizia al Primo Piano con la Sala1  che ha carattere introduttivo e propone, con un apparato didattico-illustrativo, la cronologia geologica e storica dell’isola, la geodinamica e la vulcanologia, l’evoluzione della vita in ambiente insulare, la conservazione e tutela del patrimonio biologico, il rapporto uomo ambiente.