Il Museo conserva un'importante raccolta osteologica, antichi arredi scientifici ottocenteschi come l'istoteca, il "cassettone" delle tavole didattiche e un'antica cappa da laboratorio. Due grandi mobili conservano numerosi modelli anatomici in cera, alcuni preparati anatomici essiccati con l'iniezione del mercurio metallico nei vasi linfatici secondo la tecnica operata dal Mascagni.

Nel Museo è collocata anche una collezione craniologia ottocentesca che riveste per provenienza e quantità un interesse scientifico internazionale. Affiancano il Museo due aule, attualmente utilizzate dagli studenti universitari per lo studio dell'anatomia macroscopica e microscopica.