Le collezioni nascono con la donazione della raccolta Picozzi, un centinaio di reperti archeologici e curiosità etnografiche riportate da Egitto e Nubia da Gaetano Rossellini. A questa si è aggiunta nel 1964 la collezione Schiff Giorgini costruita da 400 oggetti, alcuni molto preziosi, provenienti dagli scavi condotti da Michela Schiff Giorgini a Sedeinga e Soleb in Sudan. Fanno parte delle collezioni egittologiche anche gli Ostraka di Ossirinco e materiale proveniente dagli scavi in Egitto dell’Università di Pisa.