La Fondazione nasce il 7 aprile del 1995 per volere di Arnaldo Pomodoro, con lo scopo di garantire la corretta conservazione e informazione di tutte le sue opere, nonché di promuovere ricerche e momenti di confronto intorno ai temi e alle figure più rilevanti dell'avanguardia contemporanea. Nel 1997 ottiene il riconoscimento giuridico dal Ministero dei Beni Culturali e nel 1999 si dota della sua prima sede espositiva. Nei suoi oltre vent'anni di attività la Fondazione si è progressivamente trasformata, cambiando sede espositiva a seconda delle esigenze: dal 2013 è uno spazio di via Vigevano 9 (Milano), adiacente allo Studio e all'Archivio dello scultore.