È l'edificio più antico della città di Jesi, documentato fin dal XII secolo. Le originali forme romaniche vennero rimaneggiate nel XIV secolo con l'aggiunta di elementi gotici. L'interno, a tre navate absidate, presenta una prevalenza di volte a crociera costolonate sostenute da pilastri compositi; rimandano invece a forme romaniche le navate laterali introdotte da archi a tutto sesto. Degli affreschi realizzati nella prima metà del XVI secolo non rimangono in loco che poche, illeggibili, tracce. Da San Nicolò proviene tra l'altro l'affresco di Pietro da Rimini raffigurante “San Francesco” (1333), conservato alla Galleria Nazionale di Urbino, e L'Icona del Sangue Giusto, conservata presso la chiesa di San Giovanni Battista. La decorazione esterna del complesso absidale presenta una successione di archetti pensili a goccia. Di estrema semplicità è la facciata a due spioventi al cui centro si apre un portale ad arco senese in marmo policromo e ghiera in laterizio a spina.
Restaurata e ripristinata alle antiche forme nel dopo-guerra, l’edificio oggi appartiene ai Carmelitani del dirimpettaio Santuario delle Grazie. Sconsacrato, è aperto in occasione di mostre e convegni.
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