Sorse inizialmente come piccola chiesa, appena dopo il Mille, quando l’Europa usciva dal letargo medievale e dava origine allo sviluppo che ha coinvolto il mondo intero. Tanto che la chiesetta, passata quasi subito all’Ordine monastico più autorevole dell’epoca, quello Cluniacense, crebbe rapidamente e divenne appunto un monastero.

Nel 1536 diviene proprietà dei canonici regolari di San Salvatore di Brescia e la chiesa venne ampliata definitivamente con l'aggiunta di una cappella. Da questo edificio si accede ad un bel chiostro e da esso alla Disciplina di Santa Maria Maddalena, così chiamato perché era il luogo dove si riuniva la confraternita dei Disciplini, movimento che praticava rigide pratiche di mortificazione del corpo per espiare i peccati.

Il monastero deve importanza a un ciclo di affreschi sulla Vita di Gesù di autore ignoto del XVI secolo. Interessante è anche l'oratorio di epoca barocca di fronte all'entrata del monastero. Tra le preziose opere d'arte si può annoverare anche la magnifica cassa barocca attualmente contenente un organo a canne costruito da Daniele Giani nel 2015 riutilizzando la parte antica (di fattura Antegnati) del precedente, costruito nel XX secolo dalla ditta Borghi.