La chiesa, edificata su un edificio precedente, risulta fosse stata intitolata a san Giovanni Evangelista il 19 aprile 1447 dal vescovo di Bergamo Polidoro Foscari, ed elevata a parrocchiale nel 1451 dal vescovo Giovanni Barozzi. Gli atti delle visite pastorali dei vescovi che si sono susseguite nel tempo, permettono la ricostruzione storica dell'antico edificio che nel 1575, secondo quando dichiarato dalla visita diocesana di san Carlo Borromeo, si sviluppava su due navate e aveva undici altari. Una delle due navate era quella antica risalente almeno al XIV secolo. La chiesa ha avuto una completa ricostruzione iniziata nel 1857 e terminata nel 1864 su progetto dell'architetto Giuseppe Berlendis.

L'interno è a tre navate con copertura di volta a botte cassettonata. Le navate sono separate da grandi colonne in marmo con capitelli corinzi che sorreggono il cornicione che percorre tutta l'aula. La cupola del transetto con il tamburo e i pennacchi aventi dipinti i quattro evangelisti, è il punto d'unione con le navate. L'interno è illuminato dalle quattro aperture poste sul tamburo della cupola e dalle tre finestre a tutto sesto poste sulla controfacciata.

La sacrestia ospita due tele, opere giovanili di Carlo Ceresa. Eseguita prima del 1630 la tela raffigurante la Madonna in gloria e i santi Antonio di Padova e sant'Antonio abate e un vescovo olio su tela. La tela raffigurante la sacra conversazione, si sviluppa su di uno schema piramidale seguendo le regole dalla controriforma. Di qualche anno successiva, 1633, è la tela della Madonna in gloria con san Apollonia, san Nicola da Tolentino e santa Lucia con offerenti.

Nella chiesa si conserva dal 1495 la reliquia della Sacra Spina, che secondo la tradizione è appartenuta alla corona di spine di Gesù.