Fin dal X secolo a Bergamo vi erano presenti più chiese, tra queste una intitolata a san Vincenzo, residenza vescovile, istituita dal vescovo Adalberto e la chiesa di Santa Maria Vetus destinata a essere la chiesa battesimale.
Difficile ricostruire dove fosse collocata la primitiva vasca battesimale, scavi e ricerche eseguiti negli ultimi anni del Novecento presso il Tempietto di Santa Croce, hanno ridato luce a quella che era la fontana di Antescolis addossata alla basilica mariana di forma trilobata e che presenta due aperture, forse il primo fonte battesimale. Si deve considerare che entrambe le chiese, come tutto l'urbano, erano poste a un livello inferiore a quello attuale.
Nel 1340 fu incaricato per la realizzazione di un battistero Giovanni da Campione per la basilica di Santa Maria Maggiore. Non vi è certezza sulla sua esatta collocazione, presumibilmente era posizionato dove si trova il Monumento funebre al cardinale Guglielmo Longhi, sul lato sinistro della navata, di fronte all'antico altare dedicato a san Giuseppe, poi rimosso. Il passaggio collegante con l'aula picta che fu coperto da un arazzo, e la bifora murata, sembrano confermare questa considerazione, sarebbe stata la stanza di attesa al passaggio per i diaconi e il clero durante i riti del sabato santo. Vi era inoltre la vicinanza con l'acquedotto e la fontana di Antescolis quindi l'acqua indispensabile per le celebrazioni battesimali.
Nel 1449 la chiesa mariana fu affidata alla Congregazione della Misericordia Maggiore allontanandola dalla giurisdizione del vescovo, diventò così difficile svolgere le funzioni pasquali nella basilica per il capitolo della chiesa di Sant'Alessandro. Nel 1613 iniziò una ricollocazione di alcune parti del battistero che non fu di facile risoluzione.
L'opera fu smantellata e smembrata e alcune parti poste per modum provisionis nella Capella a basso d a il scurolo che ha la ferata... ma non era certo la locazione più consona per le funzioni battesimali. La vasca battesimale fu quindi collocata sulla controfacciata della basilica, locazione che mantenne dal 1635 al 1691, per poi essere posta nella seconda cappella di sinistra dedicata a san Giovanni ma mancante di molte parti originarie. Quando nel Duomo si edificò la cappella del Crocifisso, il battistero fu riprogettato per essere posto nel cortile della canonica su progetto di Raffaele Dalpino. Fu solo nel 1897 che si decise la definitiva sistemazione con una rivisitazione architettonica per opera di Virginio Muzio e nel 1900 il battistero fu terminato e messo sulla piazza del Duomo di fronte al duomo di Bergamo.
