La facciata, originale del Quattrocento, è preceduta da un ampio portico costruito successivamente. Appena sotto la copertura, in legno e cotto, di questo atrio si possono osservare da sinistra a destra le figure affrescate di santa Chiara, san Bonaventura, san Luigi da Tolosa e santa Caterina, due a sinistra e due a destra del portale centrale. Notevole, nel registro inferiore, il frammento raffigurante cinque francescani, facente parte probabilmente dell'abside della cappella originaria. Sopra il portale in pietra scura è posta una lunetta recante il monogramma di Bernardino da Siena e sant'Antonio da Padova.

L'interno si sviluppa su un'unica navata arricchita sul muro di sinistra da tre cappelle poligonali coperte da volte a ombrello. La copertura attuale della navata ripropone l'originale struttura a capanna in tetto a vista. L'abside è decorato da una lunetta centrale con una Madonna col Bambino affiancata da tre coppie di angeli, datata 1502. L'immagine della Vergine, sovrastata da una vela nella quale compare il Padre Eterno, è affiancata da quelle di Bonaventura e Ludovico da Tolosa. Fra gli altri affreschi dell'abside è interessante un Ecce Homo attribuito a Paolo Caylina il Giovane. Sull'angolo destro fra il presbiterio e la navata è posta invece una Sacra conversazione con la Vergine col Bambino, seduta in trono, affiancata dai Santi Lorenzo e Francesco D'Assisi, datata 1506. Nella prima cappella dall'ingresso è conservata la Stigmatizzazione di san Francesco, nella seconda una Natività datata 1514 e una Flagellazione, mentre nella terza è custodito un trittico con i Santi Antonio abate e Antonio da Padova.

Fra le tele ancora presenti nel tempio si segnalano la pala di controfacciata, di scuola gandiniana e raffigurante la Madonna col Bambino e santi, e una Crocifissione di Bernardo Podavini del 1774. Notevole è anche il grande Crocifisso cinquecentesco esposto nell'omonima cappella.