Per mole documentaria e continuità storica, il fondo di maggior pregio è quello del Comune di Savona, testimonianza della vita cittadina dal Medioevo alla prima metà del Novecento. Tra i documenti medievali spiccano: le pergamene, la più antica delle quali data l’anno 1062; i Registri della catena; gli Statuti del Comune e delle arti. Nella parte dell’archivio risalente all’Ottocento e ai primi anni del Novecento, sono contenute testimonianze di grande interesse per la storia dello sviluppo industriale e urbano della città, come piani regolatori e progetti per lavori pubblici e per la costruzione di edifici pubblici e privati.
Di notevole importanza per lo studio delle vicende storiche dei primi anni del XIX secolo è l’archivio della Prefettura del Dipartimento di Montenotte (1806-1814) nel quale si trovano documenti riguardanti i territori di Porto Maurizio, Sanremo e Ceva. Dello Stato unitario sono conservati gli archivi di preture e tribunali, delle Sottoprefetture di Savona e Albenga e del Distretto militare.
Nel cospicuo fondo notarile, si evidenziano i registri dei notai Arnaldo Cumano e Giovanni di Donato, Martino, Saono e Uberto, fra i più antichi pervenuti.
