Il Museo dell’Abbazia raccoglie una serie di reperti archeologici d’epoca romana pertinente all’antica Cereatae Marianae, rinvenuti quasi tutti nelle immediate vicinanze dell’abbazia, e le tele che, negli ultimi quattro secoli, sono rimaste esposte in chiesa e in altri ambienti del monastero.
Il materiale archeologico è databile dalla preistoria all'età romana: cippi marmorei, are pagane, frammenti di pavimento a mosaico, epigrafi, statue, monete, ex voto in terracotta, vasi e lucerne fittili, anfore, unguentari, una zanna di elephas medirionalis, rinvenuta nel 1923 a quattro metri di profondità nel letto del torrente Amaseno, e una serie di monete greche e romane. Queste ultime risalgono al periodo repubblicano e all'età imperiale di Nerone, di Traiano, di Adriano e di Costantino.
Di tutto rispetto la pinacoteca con opere rappresentative del seicento e del settecento. Tra le tele più interessanti della raccolta, segnaliamo: L’elemosina di San Lorenzo di Giovanni Serodine, Gesù e la samaritana di Annibale Carracci, il Riposo durante la fuga in Egitto di Annibale Carracci, la Madonna con il Bambino e San Giovanni Batista tondo di scuola raffaellesca inserito in una grande tela forse di Pompeo Batoni, la Madonna della scuola del Sassoferrato, la Maddalena del Bilivert, Sant’Ambrogio e Sant’Agostino di un ignoto caravaggesco, la Madonna con il Bambino del Solimena, la Deposizione di Filippo Draghi e il Martirio di san Lorenzo di Girolamo Siciolante da Sermoneta. In questi locali sono conservati anche i resti di pregevoli affreschi provenienti dalla vicina chiesa di Santa Maria di Reggimento, probabilmente sede della primitiva comunità benedettina, riutilizzata poi dai Cistercensi nella prima decade del XIII secolo durante la ricostruzione del complesso monastico: essi raffigurano il martirio e la beatificazione di San Tommaso Becket.
