Si ritiene che la rocca sia stata edificata da Teodorico, re degli Ostrogoti, intorno al 490, a testimonianza della sua vittoria su Odoacre, re degli Eruli, sull'Isonzo. Già in precedenza tuttavia, la sommità del colle era stata sede di insediamenti umani; ne sono prova i resti ancor oggi visibili, dell'antico castelliere preistorico. Secondo l'Asquini il nome originario della rocca era “Verruca Montis Falconis” (traducibile in "sommità del monte Falcone"); in seguito il termine "verruca" fu contratto in quello di "rocca". Dal 967 d.C., grazie alla donazione dell'imperatore Ottone I Monfalcone e la rocca passarono sotto il dominio del Patriarcato di Aquileia. La fortezza venne ufficialmente nominata per la prima volta in alcuni documenti nel 1289 durante la guerra tra la Repubblica Serenissima e i feudatari della Contea di Gorizia e del Ducato di Carinzia. Essa passò alla Contea di Gorizia nel 1409 per opera del conte Enrico d'Ortenburg.
Alla fine del XVI secolo la fortezza perse la sua funzione di difesa (era stata costruita la fortezza di Palmanova) e divenne luogo di vedetta sui confini orientali della Repubblica. Ciò non impedì il saccheggio della città e della rocca stessa da parte degli Uscocchi nel 1615. Il presidio stabile veneziano vi alloggiò fino al 1797, anno della caduta della Repubblica Veneta ad opera di Napoleone. Abbandonata per lunghissimo tempo, subì le offese del primo conflitto mondiale; negli anni compresi tra il 1950 e il 1955 fu restaurata dalla Soprintendenza ai Monumenti e dal 1968 essa è stata affidata alle cure del Gruppo Speleologico Monfalconese "Amici del Fante" che, due anni dopo, inaugurò un museo paleontologico, in seguito trasferito nel centro della città e sostituito dall'attuale museo speleologico.
