Il museo, presso Palazzo di Sforza Almeni, racconta la storia della dinastia attraverso sale tematiche, mostre temporanee, eventi e una libreria specializzata.

La prima sala tematica è dedicata alla genealogia, è un vero ritratto della famiglia Medici narrato attraverso un suggestivo cinema olografico.
Dalla famiglia al territorio, la stanza che segue racconta la nascita del granducato, le ville medicee, la flotta dei Cavalieri di Santo Stefano e un grande diorama illustra la famosa battaglia di Anghiari: la battaglia che ha salvato il Rinascimento.

Nelle altre sale, oltre alla pittura virtuale, una preziosissima collezione di monete originali, un’installazione interattiva per ascoltare la musica che accompagnava la vita dei Medici e agli abiti delle principesse medicee è possibile trovare una piccola sala originariamente utilizzata come cappella palatina dallo Sforza Almeni che conserva ancora oggi un soffitto con uno straordinario affresco del XVI secolo.

Infine, la "stanza del tesoro" dove è possibile ammirare un ologramma della più fedele ricostruzione tridimensionale al mondo della corona granducale perduta nei secoli. La sala fu interamente affrescata nel XVIII secolo.