Non si conosce la data esatta della costruzione ma è certo che era già presente nel 1322 ed era intitolata al Santo Stefano. Venne costruita dalla città libera di Bologna sul Ludurium (una strategica lingua di terra che emergeva dalle paludi circostanti) per rinforzare il confine nord orientale dato che la più antica Torre dei Cavalli (del XIII secolo, crollata nel XVIII secolo) non riusciva a garantire una difesa efficace dell'esteso confine.
Poco dopo la sua costruzione o contestualmente a essa, venne eretto un annesso fortilizio, denominato castello di Santo Stefano. In origine erano certamente merlati sia la torre che il castello.
La torre venne assediata una prima volta nel 1360 dalle truppe di Bernabò Visconti, comandate dal marchese di Ferrara Francesco d'Este, durante la campagna che ambiva all'annessione di Bologna ai suoi domini. La torre comandata in quei giorni da tale Lambertazzi si arrese spontaneamente al nemico. Il Bernabò in seguito abbandonò il suo proposito di assediare Bologna e si ritirò.
Non si sa con certezza quando la torre fu ricostruita, di certo era già eretta nel 1448 come si legge nel Della Historia di Bologna del Ghirardacci (II tomo, p. 52). Venne usata principalmente con la funzione di carcere e tenuta da un capitano nominato a Bologna. In principio doveva essere merlata, solo dopo il 1530 vi fu sistemato il tetto a quattro spioventi sormontato da una guglia piramidale, questo per ospitare le campane della prospiciente Chiesa di San Matteo che era priva di campanile. Questo è l'aspetto che è visibile ancora ai giorni nostri. Le rovine del castello annesso vennero fortemente restaurate e rimaneggiate e parte di esse vennero utilizzate come primo Municipio del futuro Comune di Molinella.
