Alberoni volle collocare la Biblioteca del Collegio al primo piano, nel corridoio occidentale, vicino a due ambienti importanti: la sala per le funzioni pubbliche (tesi, esami, incontri rappresentativi), attualmente sala di ricreazione dei missionari, e la Cappella degli Ordinandi, successivamente incorporata nella Biblioteca, col nome di Sala Pio XI.
Il cardinale la volle grande e solenne: tutto intorno sono disposte le scaffalature in noce massiccio con intarsi di radica sul cornicione e nei vani delle finestre, intarsi che si ripetono anche sul monumentale tavolo posto al centro della sala. Il primo nucleo risale al 1732-33: il secondo piano fu aggiunto dopo la morte del cardinale, intorno al 1760, per aumentare la capacità di collocazione dei libri.
La realizzazione dell’arredo ligneo fu affidata ai falegnami Francesco Begni, Giovanni Bianchi, Carlo Gali, Francesco Ghezzi e Giuseppe Garbani, che avevano lavorato anche ai mobili della Sagrestia della chiesa di San Lazzaro. In alto sopra l’ingresso è collocata, entro una fastosa cornice lignea (forse della bottega del Geernaert), una copia del ritratto del cardinale del Mulinaretto, eseguita nel 1761 da Felice Avanzini.
Ad un primo nucleo di libri mandati dal cardinale da Ravenna sul finire del 1739 e al nucleo più considerevole di quasi duemila volumi provenienti dalla libreria del cardinale Giacomo Lanfredini Amadori (1680-1741), che l’Alberoni acquistò appositamente nel 1742 per la dotazione del Collegio, si sono aggiunti nel tempo molti altri acquisti e donazioni, fino a raggiungere oggi un totale di circa 135.000 volumi.
Di particolare importanza il pregevole materiale naturalistico donato nel 1810 dal francescano minore riformato padre Zaccaria da Piacenza O.F.M., al secolo Carlo Francesco Berta (1721-1814), botanico e naturalista di gran fama.
