Uno dei fondi più antichi conservati dall'Istituto è costituito dall'archivio storico comunale della città, che comprende alcune scritture risalenti al periodo delle libertà comunali. Caratteristica principale delle serie del Comune reggiano, oltre alla grande ricchezza, è la notevole continuità: iniziano quasi tutte con i secc. XIII-XIV, e molte terminano con la fine dell'Antico Regime.
I Capitoli riguardanti la politica estera risalgono all'882; uno dei pezzi più rilevanti è il Liber Grossus Antiquus o Liber Pax Constantiae (sec. XII-1352), con documenti in copia dal 962.
Il Carteggio del Reggimento, e cioè dell'Ufficio che rappresentò a Reggio Emilia il potere signorile, con a capo generalmente un governatore, ha carte che risalgono al 1372 (epoca della dominazione viscontea), e continuano per il periodo della signoria estense fino al 1796, comprendendo la documentazione di effimere occupazioni da parte di altri stati cui fu, di tempo in tempo, soggetto il territorio reggiano.
Gli archivi che documentano l'attività dei notai della provincia iniziano con il 1365, e arrivano alla fine del sec. XIX, mentre gli archivi finanziari prendono avvio con gli Atti della Ducal Ferma Generale (1783), e giungono fino ai contemporanei Uffici distrettuali delle imposte dirette e Intendenza di finanza, racchiudendo al loro interno le importanti serie degli estimi e catasti (1704-1985).
Si ricordano, inoltre, il fondo delle Corporazioni di arti e mestieri, nelle cui serie si conservano gli statuti di quasi tutte le arti reggiane (quelli dell'Arte della lana e del panno risalgono al 1390), e le carte dei collegi professionali (quelle del Collegio dei notai partono dal 1274).
L'Archivio di Stato conserva pregevoli fondi delle corporazioni religiose soppresse: monasteri e confraternite fra i quali spiccano il monastero di S. Tommaso (943-1783), e quello dei SS. Pietro e Prospero, il cui archivio, con documenti in copia dal 594, racchiude il più antico originale dell'Istituto, vale a dire un atto di donazione pergamenaceo dell'806.
Importante è anche il posto occupato dagli archivi di persone e famiglie; fra i più antichi si ricordano quello dei Cassoli-Guastavillani (1063-sec. XIX),e quello dei Malaguzzi-Valeri (1325-sec. XIX), famiglia di Daria, madre dell'Ariosto.
Fra le particolarità del ricco patrimonio documentario dell'Istituto, si segnala l'archivio dell'Università israelitica della città, la cui data di inizio, il 1413, coincide con la chiamata da parte del Comune degli Ebrei a Reggio, per aprire banchi feneratizi. Il fondo termina al 1875.
