Il palazzo, sede dell'Archivio di Stato di Ferrara, fu costruito dai Della Penna, famiglia originaria di Perugia ma la cui presenza è attestata a Ferrara sin dal 1310. I fratelli Soncino e Alberto e i figli del defunto Giovanni Della Penna, facoltosi imprenditori e mercanti di seta, acquistarono il palazzo di Corso della Giovecca e la stanza dietro il gioco della racchetta negli anni '80 del sedicesimo secolo. Nel 1591 l'edificio fu affittato a Onofrio Giraldi, l'allora Vescovo di Comacchio che divenne in seguito Vescovo di Ferrara.
L'Archivio conserva archivi di uffici e di enti pubblici che hanno avuto sede nella circoscrizione dell'attuale provincia, archivi privati, nonché documenti riguardanti parte del territorio di alcune delle attuali province limitrofe (il territorio di Lugo e Conselice compreso nella provincia di Ravenna, il territorio dell'Oltre Po compreso nella provincia di Rovigo, terre e castelli situati nelle province di Bologna, Modena e Reggio Emilia). La documentazione relativa alla signoria estense, con la devoluzione di Ferrara nel 1598 allo Stato della Chiesa, fu trasferita a Modena, nuova capitale dello Stato estense, in base alla convenzione stipulata in Faenza il 12 gennaio 1598 fra don Cesare d'Este ed il cardinale Pietro Aldobrandini.
