Il nucleo principale della raccolta del Museo è costituito da specie zoologiche locali ed esotiche allevate e tassidermizzate da Catherine Faraggiana Ferrandi e il figlio Alessandro nel parco della loro villa di Meina, a Novara, tra il XIX e XX secolo. A queste si aggiungono quelle portate dall'Africa e dall'Asia da Alessandro Faraggiana e altre donate dall'esploratore Ugo Ferrandi che visse a lungo sulle coste somale.

Arricchitosi con successive donazioni di privati, di Parchi e di Riserve Naturali e con acquisti, conta oggi circa 2400 esemplari, in gran parte mammiferi e uccelli, che illustrano in modo coerente le regioni zoogeografiche di tutto il mondo.