Il Museo sorge ai confini dell'area sacra di Marasà, nelle immediate adiacenze del tratto d'angolo in cui le mura dopo il loro percorso parallelo alla costa prendono a svilupparsi verso le colline.
E' una struttura di piccole dimensioni che si sviluppa essenzialmente su due livelli. Il livello sopraelevato è costituito dalla classica area espositiva nella quale trovano posto i reperti e le varie teche che li contengono, disposti secondo un criterio basato sul luogo di rinvenimento del manufatto; il secondo livello è uno spazio aperto che si sviluppa al di sotto del livello sopraelevato a formare quasi un portico nel quale trovano posto reperti di dimensioni maggiori quali sarcofagi, cippi funerari ed elementi architettonici di varia natura, tale spazio è stato inoltre utilizzato anche per conferenze e presentazioni relative all'attività archeologica sviluppatasi nel corso degli anni.
