La catacomba di Generosa fa parte di un complesso archeologico, ricco di testimonianze non solo cristiane, ma soprattutto pagane. Nel sopraterra infatti è stato individuato un recinto sacro (chiamato il boschetto sacro alla Magliana), comprendente l'antico collegio pagano dei fratres Arvales, associazione sacerdotale pagana, le cui origini risalgono all'epoca repubblicana romana, dedicata al culto della dea Dia, il cui tempio è stato individuato nello stesso recinto: gli Arvali registravano la loro vita religiosa e cultuale (gli Acta fratrium Arvalium) in tavole marmoree, molte delle quali sono giunte fino ai nostri tempi, grazie al loro riutilizzo come lastre di pavimentazione della basilica di Generosa.

La catacomba è posta all'interno di una collina, e si sviluppa su un solo livello. L'antico ingresso della catacomba, come per altre catacombe romane, era chiuso da una basilica, fatta costruire da Damaso nella seconda metà del IV secolo, i cui resti sono stati individuati da Giovanni Battista de Rossi nell'Ottocento. Nell'abside una fenestella confessionis permetteva di vedere il principale luogo di culto martiriale, mentre una porta laterale dava accesso alla catacomba.

Il luogo artisticamente più importante di tutta la catacomba è la cripta martiriale, sita alle spalle dell'abside della basilica esterna. In essa era conservato un affresco dalle caratteristiche bizantine, denominato Coronatio Martyrum, risalente al VI secolo. In esso sono raffigurati cinque personaggi: la figura centrale è quella di Cristo, che porge la corona del martirio a Simplicio, affiancato da Viatrice; a sinistra di Cristo, le figure di Faustino, con la palma del martirio in mano, e di Rufiniano. L'affresco subì gravi danni quando Giovanni Battista de Rossi, nell'Ottocento, cercò di staccarlo; subì nuovi deterioramenti quando fu trasportato su tela; è stato restaurato nel 1983.