La quadreria dei Girolamini, statale ma affidata ai padri dell'Oratorio di San Filippo Neri, è oggi collocata in alcune sale del primo piano del convento, a cui si accede tramite il chiostro degli aranci. Secondo le antiche fonti, le raccolte furono accessibili al pubblico fin dalla sua prima istituzione, tra la fine del XVI secolo e l'inizio del XVII, collocate in sacrestia, dove rimasero fino al recente riallestimento museografico realizzato nel 1961.
Uno dei quadri più antichi è l'Adorazione dei Magi di Andrea Sabatini da Salerno del 1513, uno dei primi pittori dell'Italia meridionale a mostrare di avere ben assimilato la lezione di Raffaello e Leonardo da Vinci. Tra le opere cinquecentesche spiccano il San Sebastiano di Giuseppe Cesari detto il Cavalier d'Arpino e un'Adorazione dei Magi di Federico Zuccari; notevoli anche un Giudizio di Pilato derivante da un'incisione di Luca di Leida e un Salvator Mundi di Bartholomäus Spranger. Cinquecentesca è anche la Madonna con Bambino di scuola greco-cretese.
Ben rappresentato è il Seicento napoletano colto sia nel suo dominante caravaggismo come nei quadri dei giovani Battistello Caracciolo e Jusepe de Ribera ai quali si devono i capolavori assoluti della collezione: al primo spetta il Battesimo di Cristo, al secondo la serie di ritratti di apostoli San Pietro, San Paolo, San Giacomo, a cui probabilmente si aggiungevano altri ritratti poi scomparsi o trafugati, il Sant'Andrea e la Flagellazione di Cristo.
Arricchiscono la pinacoteca pitture di scuola parmense tra cui spiccano due capolavori di Guido Reni Fuga in Egitto e Incontro di Cristo con il Battista, ed opere di Fabrizio Santafede e Giovanni Bernardo Azzolino i cui stili ricalcano il manierismo toscano.
Settecenteschi sono i bozzetti per gli affreschi di Mosè e David della chiesa monumentale di Francesco Solimena e le opere di Ludovico Mazzanti raffiguranti la Morte di Ozia e la Cacciata di Eliodoro, copie degli affreschi compiuti dallo stesso pittore per la chiesa dei Girolamini.
Durante la riorganizzazione museale effettuata negli anni Novanta, sono state inserite nuove opere; tra queste notevoli sono un busto in terracotta di San Filippo e due Pietà del Sanmartino.
