L'antiquarium raccoglie parte degli ingenti materiali reperiti nel corso degli scavi condotti nell'Isolino Virginia a partire dall'Ottocento. Benché i pezzi più significativi siano esposti nei Musei civici di Varese, la collezione consente di cogliere la notevole importanza che ebbero gli insediamenti palafitticoli che dall'età neolitica a quella del Ferro si susseguirono sull'isola del piccolo lago di Biandronno.