Oggi il Complesso delle fortificazioni della Città di Nepi, di cui la Rocca Borgiana ne divenne Cavaliere durante i lavori di ammodernamento nel XVI secolo, si presenta ancora in tutta la sua monumentalità, benché nei secoli varie manomissioni e mutamenti dovuti allo sviluppo del centro urbano verso l'esterno ne abbiano in parte mutato la percezione. Lo sventramento del bastione nord, presso la porta falisca nel XVIII secolo e quello già citato precedentemente sul finire del XIX secolo per la costruzione del cosiddetto "ponte nuovo" hanno causato a questo "gigante architettonico" non pochi danni. Per fortuna le proporzioni rilevanti del complesso rapportate alle opere successive, attutiscono non poco il disturbo che esse arrecano.
La Rocca si presenta con una pianta quadrangolare con quattro bastioni circolari, di diverso diametro secondo logiche difensive (più erano verso l'esterno, più il diametro aumentava), posti ai vertici della cortina muraria. Il modello attuato per Nepi, è decisamente meno innovativo della contemporanea rocca di Civita Castellana, anch'essa realizzata da Antonio da Sangallo per Alessandro VI. Anticamente si accedeva alle fortificazioni attraverso la porta "dell'Unico", prospettante su largo del Franile. Successivamente venne realizzato un ingresso molto più ampio, posto in asse con la via del corso (via aperta in epoca farnesiana). A seguito dello sventramento per la costruzione della nuova via di accesso all'abitato, oggi si entra direttamente nella corte principale, senza dover attraversare tutta una serie di spazi che fungevano da filtro. Appena entrati si accede al cortile maggiore. Di fronte la facciata dell'edificio residenziale. A destra e a sinistra, i resti murari degli ambienti di servizio al palazzo. Il pavimento in cotto del cortile, è una moderna ricostruzione del pavimento originario, dedotto dal ritrovamento della malta di allettamento che ancora aveva i segni della spina di pesce con i mattoni disposti di taglio e da alcuni lacerti tuttora conservati lungo i bordi dell'ampio spazio aperto. A destra del corpo residenziale, i resti delle cucine. Da notare il camino ed il forno. In un piccolo spazio attiguo, una vasca in marmo, forse una ghiacciaia. Originariamente questo spazio era collegato direttamente con gli ambienti di rappresentanza. Si accede alla cosiddetta "Sala Nobile" dalla porta centrale. Essa conserva ancora intatto il pavimento a mattoni disposti a spina di pesce. Le volte crollate, rendono leggibili ed evidenti le varie fasi storiche che hanno caratterizzato l'edificio. A sinistra, una scala conduce ai sotterranei. Qui i resti dell'antico tracciato della via Amerina e le antiche porte di accesso alla città, successivamente murate.
