Il percorso all’interno del museo si snoda secondo criteri cronologici per autore o ambito culturale. Così, alla sezione sulla produzione pittorica locale e sui rapporti che intrattenne con le culture limitrofe lombarda, veneta e austriaca tra Medio Evo e Neoclassicismo, segue quella relativa alla scultura lignea, dove vengono presentate sculture e altari a portelle realizzati dalle più importanti botteghe operanti nella diocesi tra la fine del 1400 e la seconda metà del 1500. Una ricca raccolta di paramenti documenta il modificarsi delle forme delle vesti liturgiche e una sezione specifica presenta alcune testimonianze del Concilio di Trento e dell´iconografia della città. Da segnalare sono anche la rara raccolta di arazzi fiamminghi e l’esposizione del tesoro della Cattedrale.

Il biglietto d'ingresso consente anche l'accesso al sito archeologico della Basilica Paleocristiana di San Vigilio.