Dopo una mostra, allestita nel 1996, dedicata alle antiche attività industriali della zona di Saronno, venne presa la decisione di utilizzare il materiale realizzando un apposito museo. La prima parte del museo venne inaugurata il 25 ottobre 1998, all'interno di un capannone storico messo a disposizione dalle Ferrovie Nord Milano, un tempo parte delle Officine sociali FNM. Nel 2002 vennero trasferiti nell'area esterna del museo locomotive, carri e carrozze FNM, nel dicembre 2003 la superficie espositiva aveva raggiunto i 2000 m², di cui 600 coperti. Nel giugno 2005 vennero aggiunti altri 200 m² e il museo al coperto raggiunse la superficie di 800 m².Nel 2013 un'ala del museo è stata dedicata a Luigi Lazzaroni, imprenditore del settore alimentare, tra i promotori del museo, scomparso nel 2012. Nel 2017 il museo ha introdotto nuovi strumenti di visita elettronici.

Il Museo è articolato su un criterio espositivo che presenta ai visitatori le collezioni in base alle singole aziende con fabbriche attive all'interno di Saronno: in alcuni casi le aziende sono legate a prodotti e settori specifici (come l'industria dolciaria o quella radiotelevisiva) in altri casi invece vedono la compresenza di settori molto diversi. La parte espositiva all'aperto è interamente dedicata al settore ferroviario FNM, con la presenza di locomotive, carri e carrozze costruite da produttori diversi: le Ferrovie Nord Milano non sono una fabbrica in senso stretto, ma furono e sono anche oggi importante datore di lavoro in città.