Il Museo è stato istituito per divulgare i dati scientifici relativi agli scavi archeologici subacquei condotti fra il 2000 e il 2001, preventivamente alla costruzione di un porto turistico nella rada di Portiglioni,hanno portato alla luce un esteso e ingente deposito di reperti accumulati nei secoli sui fondali della zona del Puntone di Scarlino.
L'alta concentrazione di questi reperti rivela un intenso traffico di navi mercantili già a partire dal III secolo a.C. La scoperta è importante in quanto indizio probante della presenza in quest'area del celebre "Portus Scabris" citato dalle fonti antiche.