Il Museo ripercorre le tappe di una storia senza soluzione di continuità dell'area occupata oggi dalla città (dal XII sec. a. C. al VII d. C.). L'identità storica della città romana è testimoniata dalle sue tipologie costruttive: gli edifici pubblici, le abitazioni private, le necropoli a chiudere, in un ipotetico viaggio, il cerchio dell'esistenza dell'uomo; mentre assume consistenza la forma dell'antico tessuto urbano, evocato attraverso i suoi luoghi pubblici (il foro, il teatro, l'anfiteatro, le terme, le testimonianze della religiosità antica), le sue ricche dimore (la Domus cosiddetta del Leone, di Porta Carrese, di Largo Torre Bruciata, dell'area di Largo Madonna delle Grazie), le sue necropoli, lungo i nodi extraurbani e le grosse direttrici viarie.