La prima chiesetta duecentesca doveva trovarsi ove ora si trova l'edificio che ospita le celle dei frati. Nel XV secolo viene realizzata la seconda chiesa, che si trovava ove ora si trova il chiostro di accesso al convento, ad una nave con numerose cappelle laterali. Tra la chiesa duecentesca, integrata nel convento, e quella quattrocentesca venne poi realizzato il refettorio, attuale biblioteca.
L'odierno complesso architettonico è frutto di un rinnovato intervento edilizio della metà del Settecento, reso necessario in seguito al terremoto dell'anno 1732. I lavori consistettero nella costruzione di una nuova chiesa in stile barocco-rococò, ruotata di circa 90º rispetto alla precedente e realizzata più alta di 180 cm. Della chiesa tre-quattrocentesca rimane l'esonartece, ora portico di ingresso al convento, l'abside, oggi cappella del Crocifisso, che difatti si trova ad un livello inferiore, e il campanile che conserva l'impianto della seconda metà del XV secolo. Allo stesso programma edilizio appartiene il chiostro, interposto ai due ambienti precedenti, che ha occupato il luogo dell'antica chiesa, sin dal Trecento annessa al chiostro, oggetto della recente indagini di scavo. Tutta la restante parte della fabbrica è relativa agli spazi conventuali amministrati dai Frati Minori Conventuali, insistenti anch'essi su aree frequentate già dalle prime comunità religiose.
Nella chiesa settecentesca, di grande pregio gli stucchi di Francesco Conforto e il pavimento maiolicato datato 1750. Nella sacrestia, il sarcofago di Diego I Cavaniglia, conte di Montella morto nel 1480 nella battaglia di Otranto, opera di Jacopo della Pila. Incastonata nel pavimento del lato Est del transetto, la lastra sepolcrale della contessa Margherita Orsini, moglie del conte Cavaniglia, morta nel 1521.
Nel Museo dell'Opera annesso al convento di San Francesco sono conservati i beni artistici accumulatisi nei secoli. Di grande valore storico e artistico i paramenti sacri in broccato di seta del XVI secolo. Fanno parte della collezione del museo arredi e suppellettili lignee, ceramiche, argenti, stoffe, stampe che vanno dal XV al XIX secolo, nonché numerose reliquie.
Annessa al museo è la Biblioteca. Istituita nel XV secolo, fu saccheggiata dopo la soppressione del convento in epoca napoleonica. Ripristinata negli anni trenta del secolo scorso, ospitata nella sala cinquecentesca dell'ex refettorio, conserva opere edite in Italia e all'estero dai primi del Cinquecento a tutto il Settecento. Conserva attualmente circa 20.000 volumi.
