Nell’Università di Sassari la cattedra di chimica venne istituita nel 1826, prevedendo anche una dotazione per i laboratori, che dovevano essere collocati tra il palazzo universitario e le mura cittadine. Nel 1934 nacque la Facoltà di Farmacia, con sede nello storico palazzo di via Muroni: le materie chimiche erano direttamente funzionali allo studio dei farmaci. Nel 1971, in seguito allo sviluppo dell’industria petrolchimica nel polo di Porto Torres, fu creato il corso di laurea in Chimica presso la Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali.
Le collezioni chimiche ora facenti parte del museo provengono in gran parte dalla Facoltà di Farmacia e in particolare dall’Istituto di Chimica Farmaceutica e Tossicologica, struttura portante della Facoltà, dove erano confluite le cattedre di Chimica Generale, Chimica Organica e Chimica e Tecnica Farmaceutica, con i nuclei di strumentazione risalente agli anni Sessanta del Novecento e con i preparati farmaco - chimici - tossicologici.
