Pur essendo la quarta fondazione italiana e la prima in Lombardia (1134), la chiesa abbaziale si scosta da tutte le altre edificazioni cistercensi del XII secolo. L'aver rinviato la costruzione della chiesa fino al 1182 ha fatto sì che fruisse delle esperienze precedenti. Infatti, Morimondo è un esempio di architettura cistercense già evoluta verso lo stile gotico, com’è sottolineato dall'uso della volta a crociera ogivale, che può creare anche campate rettangolari. Infatti nella navata centrale, esse non sono a base quadrata, ma rettangolare, e ad ognuna di esse corrisponde una campata quadrata nelle navate laterali aumentando perciò il senso di verticalità. Inoltre la grandezza di Morimondo è dovuta alla presenza di ben otto campate, diversamente dalle chiese abbaziali precedenti normalmente più piccole. Ma la maestosità della chiesa di Morimondo è data anche dalla totale essenzialità, e dal senso di ordine dei mattoni a vista. Il Rinascimento ed il Barocco non hanno alterato lo stile e l'ordine del XII secolo.
Nel chiostro nonostante gli inserimenti successivi (la costruzione dei tre porticati nel 1500-1505 e la sopraelevazione dei lati nord ed ovest verso la metà del XVIII secolo), è ancora leggibile la tipologia del complesso monastico con l'usuale distribuzione degli ambienti. Tra questi vanno ricordati: la sala capitolare che mantiene integralmente le sue caratteristiche originarie, e il refettorio con la cucina che si presentano in una splendida veste seicentesca.
Un'altra peculiarità dell'abbazia è quella di essere edificata su più piani a ridosso di un avvallamento. Il piano del chiostro in tutta la parte monastica è il terzo sopra due livelli costituiti da ampie sale costruite con volte sostenute da un susseguirsi di colonne, inoltre, sopra la sala capitolare, è ancora esistente il dormitorio dei monaci (originariamente un'unica sala). Questa elevazione di piani è integralmente esistente verso est e sud, ma riguardava anche il lato dei conversi. Visto da est e da sud il monastero quindi si presenta come un'imponente costruzione di quattro piani. Nonostante i saccheggi, i terremoti, nonché le modifiche seicentesche e la soppressione (1798), il monumento è sopravvissuto e con esso sono vivi i valori per i quali fu costruito.
