Le origini della Chiesa di Santa Maria in Organo si perdono nel tempo e risalgono sino all'età longobarda, tra il VI ed il VII secolo d.C. Distrutta e celermente riedificata dopo il terremoto del 1117, venne nuovamente ricostruita a cavallo del '500 dai monaci benedettini a cui era stata affidata nel 1444 dal papa Eugenio IV.

L'interno è a croce latina a 3 navate, ha un transetto e presbiterio rialzati, conserva una ricca decorazione pittorica. Sono, infatti, presenti tele ed affreschi di Girolamo Savoldo, Nicolò Giolfino, Giovan Francesco Caroto e Francesco Caroto, Domenico Morone e Francesco Morone, Antonio Balestra, Giambattista Pittoni, Francesco Torbido, Paolo Farinati, Luca Giordano, Girolamo Mocetto, Paolo Cavazzola, Guercino, Domenico Brusasorzi, Alessandro Turchi

Di grandissimo interesse le tarsie di Fra Giovanni da Verona, lodato e descritto dal Vasari, nel coro ligneo e sugli armadi della sagrestia, nonché il leggio e il candelabro intagliati.

Sotto il presbiterio si trova la cripta, costruzione preromanica con colonne e capitelli dell'VIII secolo.