L'archivio del Patriarcato conserva i documenti della Curia del Patriarcato, e le altre istituzioni ecclesiastiche del Patriarcato, come la mensa vescovile, il capitolo di San Pietro e San Marco, e il seminario. Inoltre, conserva gli atti del Primicerio di San Marco e degli Antichi episcopati lagunari, le diocesi soppresse della laguna, oltre a numerosi archivi comunali, archivi di monasteri e confraternite. Infine conserva gli atti propri, che presta a singole organizzazioni, a sacerdoti o laici, che sono conservati nell'archivio.
Non è solo importante per la storia del patriarcato, ma anche per le 70 comunità del centro storico di Venezia e per le isole della laguna.
La sede dispone di una biblioteca, dove si trovano nella sezione moderna 3000 volumi a stampa e circa 60 testate di periodici, 20 delle quali correnti. La sezione antica consta di oltre 6000 volumi ed opuscoli dal XVI al XX secolo, con alcuni esemplari risalenti al secolo XV. È costituita prevalentemente da fondi manoscritti e a stampa raccolti nei secoli passati presso alcune parrocchie veneziane, fra le quali Santi XII Apostoli, San Raffaele, San Nicolò del Tolentini, Sant'Eufemia, e depositati con i loro archivi presso l'Archivio patriarcale. Ad essi si aggiungono manoscritti, opuscoli e volumi conservati entro alcune serie dei fondi archivistici di Curia. La sezione comprende opere attinenti al diritto canonico, le discipline teologiche, l'omiletica, la spiritualità, la storia veneta, nonché manoscritti e testi a stampa musicali.
I fondi degli archivi parrocchiali ecclesiastici che sono spesso nelle rispettive sedi possono essere ordinati e visualizzati nella sala di lettura della casa, accessibili solo da lunedì a giovedì mattina accessibili. La cura dei fondi documentali sparsi è effettuata dal progetto Archivio diocesano diffuso.
