La prima menzione documentata di questa chiesa risale al 1244, in una pergamena, conservata presso la Chiesa di Giustino. Nella prima metà del Quattrocento è avvenuta la trasformazione dell'edificio antico, con la sua attuale “orientazione” non più verso est, ma verso sud, e nel 1454 ebbe luogo la riconsacrazione della chiesa nella sua struttura attuale. Nel 1736Carisolo divenne curazia autonoma e nel 1751 viene aperta al culto la sua attuale chiesa parrocchiale di San Nicolò.

Santo Stefano divenne da allora chiesa cimiteriale. La struttura architettonica è sostanzialmente di stile gotico ma con modifiche dovute alle circostanze ambientali in cui è stata realizzata. Anche se la chiesa ha una sua valenza architettonica e storica, sono i dipinti di Simone II Baschenis che danno a Santo Stefano il suo particolare valore artistico e che in genere maggiormente interessano il visitatore.

Di particolare interesse sono gli affreschi dei Profeti (fra i quali si riconosce Daniele) e Re di Israele. Sulla parete di sinistra si può ammirare un affresco, che rappresenta la Madonna con il bambino, dai lineamenti molto fini e delicati, che ricordano la pittura rinascimentale. La parete destra presenta tre fasce di affreschi: in alto l'Ultima Cena, sotto una schiera di Santi, e più in basso ancora un piccolo Gesù Bambino.

L'Ultima Cena, tipica dei Baschenis, ha elementi che si ripetono in diverse altre opere di questi pittori in altre chiese sia del Trentino che del Bergamasco. La prospettiva è ancora primitiva e rudimentale, tutti gli apostoli siedono da un lato della tavola, coperta da una tovaglia bianca e da cibi simbolici. Singolare è qui la presenza di un personaggio in più: vi sono 12 persone a tavola più una figura in primo piano che riceve la comunione dal Cristo. Questa figura è presumibilmente Giuda Iscariota.