Il progetto originale fu affidato all'architetto fanese Francesco Maria Ciaraffoni, ma venne ampiamente rivisto dall'architetto pontificio Cosimo Morelli da Imola che, assai conservatore e legato a canoni neorinascimentali di ordine e chiarezza compositiva, impediva ogni innovazione architettonica. Morelli provvide ad allargare la pianta ed il boccascena e diede la definizione dell'ampia curva ellittica della sala, da cui dipende la sua ottima acustica. Inoltre rivide il disegno della facciata creando un alto basamento a bugnato liscio con un motivo ad arcate in asse con le finestre a timpano dei piani superiori.

Il teatro venne inaugurato nel carnevale del 1798, non alla presenza dei nobili finanziatori quanto del popolo e dei giacobini, che nel frattempo avevano invaso la città in seguito alla vittoria napoleonica e al Trattato di Campoformio. Per l'occasione vennero rappresentate tre operine, di cui due di Marcos António Portugal Lo spazzacamino principe e Le confusioni della somiglianza ossia Li due gobbi e la terza La capricciosa corretta di Vicente Martín y Soler. Esecutrice ne fu il soprano pesarese Anna Guidarini, madre di Gioacchino Rossini.

I lavori di abbellimento continuarono. Carlo Bertani e Carlo Caccianiga realizzarono otto scenari, rinnovati nel 1828 dal fiorentino Luigi Facchinelli. Nel 1837 furono aggiunti sei palchi nel proscenio, decorati nel 1859 dal romano Giuseppe Vallesi che provvide a restaurare anche le pitture del Giani. Nel 1856 venne realizzato dal pittore jesino Luigi Mancini il sipario storico con L'ingresso di Federico II a Jesi nel 1216, dove l'imperatore svevo era nato nel 1194.