La chiesa venne fondata da Leonardo Scarioni (un mercante pratese) che, trasferitosi a Napoli e non avendo eredi a cui lasciare i suoi averi, stabilì che tutta la sua ricchezza dovesse essere investita nella costruzione di un complesso conventuale francescano, destinato ad accogliere sessanta monache, alcune provenienti dalla sua città di origine. I lavori incominciarono nel 1704 e vennero affidati all'architetto Giovan Battista Nauclerio; l'edificio religioso fu inaugurato nel 1721.

Il complesso è un esempio notevole di architettura barocca. Sulla facciata della chiesa si osserva una pregevole statua lignea di san Francesco (1763). L'interno si caratterizza per una pianta a croce greca. Sull'altare maggiore vi è un dipinto del 1773 di Francesco De Mura rappresentante Cristo e la Vergine che consegnano l'indulgenza a san Francesco. L' altare laterale a sinistra è sormontato da una tela del 1773 di Antonio Sarnelli con l' Adorazione dei Pastori, mentre su quello a destra si ammira un' Immacolata di Paolo De Matteis. Nella sagrestia si trova una tavola di Marcus Laurus raffigurante il Crocifisso che parla a san Tommaso (1580). Un ulteriore vanto della chiesa è l'organo, di pregevole fattura, risalente al 1721 (artista ignoto).

Nel convento sono degni di menzione: la Cappella del Presepe, con affreschi eseguiti dalla suora Maria Eleonora Zarrini, e la Madonna Addolorata, ceroplastica di Giovanni Francesco Pieri.