Sullo stesso luogo dove un tempo sorgeva il Carcere Zebedeo, luogo di detenzione di epoca romana dove fu rinchiuso, nel II secolo, sant'Alessandro martire, fu costruita, nel V secolo, una primigenia chiesa dedicata a questo santo, edificio religioso che diverrà poi di riferimento di una delle più antiche parrocchie di Milano. In seguito questa prima chiesa di Sant'Alessandro fu demolita, unitamente alla vicina chiesa di San Pancrazio, per poter permette la costruzione del moderno ed omonimo edificio religioso, che prese la seconda parte del nome, in Zebedia, proprio dall'antico carcere.

La costruzione ebbe inizio nel 1601 su un progetto del barnabita Lorenzo Binago, cui si affiancò, come perito per i dissesti statici, il più noto Francesco Maria Richino. La prima pietra della chiesa venne posata il 30 marzo 1602 dal cardinale Federico Borromeo, andando ad aggiungersi ai numerosi cantieri religiosi attivi nella Milano di quell'epoca, quali San Giuseppe, Sant'Angelo, Sant'Antonio abate, e naturalmente il Duomo.

Le opere pittoriche che decorano il ricco interno barocco sono una bella galleria di arte lombarda del '6-700, con tele di Camillo Procaccini (Assunta, nell'ultima cappella della navata destra - il Presepio, definito una delle migliori di questo autore, nella cappella di testa della navata destra - Crocefissione nella prima cappella a sinistra) e Daniele Crespi (Giovanni Battista martire e Salomè). Altra tela di pregio quella dell'Ossana, nella prima cappella a destra entrando. Il tempio contiene anche eccezionali opere d'arte applicata, rappresentate dai confessionali, dal pulpito, dal coro e dagli altari.