A seguito delle distruzioni causate dalla guerra della Lega di Cambrai, i monaci Certosini di Padova ricostruirono il loro monastero in un'ansa del fiume Brenta, sui terreni che il vescovo aveva donato all'Ordine. A partire dal 1534, fino al 1560, grazie all'opera di due celebri architetti dell'epoca, Andrea Moroni e Andrea da Valle, i lavori vennero portati a termine con grande soddisfazione dei monaci che si insediarono nel nuovo importante edificio fin dall'anno successivo.

Anche se la costruzione era imponente e rappresentava un notevole centro di cultura e meditazione, il numero dei monaci presenti non fu mai elevato, tanto che, nel 1768, la Serenissima ne decretò la chiusura e ne incamerò i beni ad essa collegati. Quando, poco dopo, Antonio Zigno ne entrò in possesso, trasformò la struttura in casa di campagna e corte contadina, lasciando intatte le celle sul retro ma creando le ali nobiliari e i magazzini agricoli collegati agli alloggi dei mezzadri.

Durante le due guerre la Certosa divenne caserma, polveriera e rifugio per gli sfollati che abbandonavano la città in seguito ai bombardamenti alleati. Attualmente l'intero complesso è di proprietà privata, ed in parte utilizzato come casa contadina.